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Der Praxis stehen flexible Videoendoskope zur Darstellung des Verdauungskanals und der Atemwege sowie eine Reihe starrer Endoskope zur Nasen-, Ohr, Harnröhren- und Blasenendoskopie sowie Gelenkspiegelung zu Verfügung.
Die Endoskopie von Hohlorganen ermöglicht die direkte Einsicht in das jeweilige Organ und kann nur bei narkotisierten Patienten erfolgen. In den meisten Fällen werden zusätzlich zur bildlichen Beurteilung über den Arbeitskanal des Endoskopes mit speziellen Zangen kleine Schleimhautproben aus den untersuchten Organen entnommen. Diese werden von spezialisierten Pathologen untersucht und auf Basis dieser Ergebnisse eine spezifische Behandlung eingeleitet.

Auch in den Atemwegen (Nase, Rachen, Luftröhre, Bronchien) ist oft ohne Spiegelung und der damit verbundenen Probenentnahme, insbesondere bei chronischen Erkrankungen die zum Beispiel mit Nasenausfluss oder Husten einhergehen, keine Diagnosestellung möglich.

Bei manchen Erkrankungen des äußeren Gehörgangs, Trommelfells sowie Mittelohrs ist eine Untersuchung mit „normalen“ Ohrtrichtern nicht möglich. Dies trifft vor allem auf besonders lange Gehörgänge bei großen Rassen oder auch auf durch lang bestehende Entzündungen verengte Gehörgänge zu. Das Endoskop kann hier aufgrund seiner Länge und seines kleinen Durchmessers sehr hilfreich bei der Beurteilung und auch Spülbehandlung sein.

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